Moleküle können unterschiedlich symbolisiert werden, etwa als Summen oder Strukturformel. Räumliche Modelle betonen unterschiedliche strukturelle Aspekte.

Modelle von Proteinen wie dieses Zytochrom C sind meist unübersichtlich, selbst wenn die Seitenketten der Aminosäuren ausgeblendet werden. Zur Veranschaulichung der Molekülstruktur beschränkt man sich daher auf das Peptidrückgrat, wobei Helices oft hervorgehoben werden. Prostetische Gruppen, wie hier das Häm mit seinem zentralen Eisenatom, lassen sich gesondert darstellen.

Die Einpassung in die Bindungstaschen im Protein wird durch raumfüllende Darstellung deutlich. Ein realistisches Bild der Proteinoberfläche entsteht durch Wiedereinblendung der Seitenketten. Hier wird das Modell farbkodiert, um die beteiligten Elemente zu identifizieren.