Don't scroll - Entscheidungsunterstützung im biomedizinischen Bereich jenseits von Excel

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Formal Metadata

Title
Don't scroll - Entscheidungsunterstützung im biomedizinischen Bereich jenseits von Excel
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License
CC Attribution 4.0 International:
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Identifiers
Publisher
Release Date
2018
Language
German

Content Metadata

Subject Area
Abstract
Seit jeher obliegt es Ärzten, die für ihre Patienten geeignete Behandlung aus einer Reihe von Optionen zu finden. In Zeiten von interdisziplinärer Biomedizin, eHealth und Data Science benötigen Mediziner mehr denn je breit angelegte Unterstützung um gezielt Entscheidungen im Sinne des Patienten zu treffen. Hierfür ist es nicht nur wichtig, von Anfang an gegen den Eindruck einer digitalen Bevormundung zu arbeiten, sondern auch, solche Prozesse transparent zu gestalten. Dazu kann und sollte Open Source Software Schlüssel sein. In klinischen Szenarios steht der letztendlichen Behandlungsentscheidung eine möglichst detaillierten Diagnose vor. Diese umfasst üblicherweise Gespräche (Anamnese), physische Tests sowie Laboruntersuchungen. Die Gesamtheit dieser Informationen verstehen sich als Eingabeparameter eines komplexen Algorithmus. Zentrale Elemente sind dabei die Leitlinien der Fachgesellschaften sowie der persönliche Erfahrungsschatz des Arztes selbst. Leitlinien stellen die Essenz dessen dar, was anhand von empirisch zusammengetragenen Erkenntnissen als zum aktuellen Stand der Forschung als gesichert angenommen werden kann – im Englischen als „Evidence-based Medicine“ bezeichnet. Zentrale Werkzeuge sind dabei Publikationen nach wissenschaftlichem Standard sowie klinische Studien, die Erkenntnisse mit einer statistischen Signifikanz auszeichnen können. Algorithmisch betrachtet stellen sich Leitlinien eher regelartig, star und generell dar; komplementär dazu agiert der Arzt analog zu unscharfen Verfahren wie neuronalen Netzen eher individuell und weniger explizit. Allerdings stellt für den Arzt selbst allein das immense Wachstum an verfügbarer medizinischer Fachliteratur heutzutage ein praktisches Problem dar. Gleichzeitig geht der Trend in der modernen Medizin dazu, Patienten individueller zu betrachten: stratifiziert in Subgruppen bis hin zur personalisierten Einzelfallbetrachtung. Während diese Verkleinerung der Kohorten bereits per Definition die statistische Signifikanz im Behandlungskontext schwächt, steigt die Erwartungshaltung an den behandelnden Arzt, eine im Sinne des Patienten optimale und begründbare Entscheidung zu treffen. Hinzu kommen abstrakte Massendaten aus hochmodernen Disziplinen wie der Genomik. In der Summe benötigt der „Algorithmus“ zur Entscheidungsfindung neben Erfahrungen und Leitlinien Erweiterungen, die medizinisches Fachpersonal in Routineversorgung und auch klinischer Forschung unterstützen. Eine gezielte Integration von öffentlich verfügbarem Wissen und Massendaten geht dabei über die derzeit an Kliniken etablierten, meist proprietären Software-Lösungen weit hinaus. Im Vortrag soll daher ein Überblick zunächst über den Status Quo, die derzeitigen und bevorstehenden Herausforderungen sowie potenzielle Lösungswege gegeben werden. Neben einer massiven Unterschätzung der benötigten Ressourcen zur Etablierung von Lösung stellen der Umgang mit Datenschutz sowie Transparenz und Reproduzierbarkeit häufig ignorierte Problemstellungen dar. Diese treten sowohl in Routine und Forschung auf, vor allem aber an deren Berührungspunkten. Der Vortrag soll Perspektiven aufzuzeigen, wie gerade im sensiblen Umfeld der Klinik Open Source Türen öffnen und solide Basis wissenschaftlicher Arbeit werden kann. Dabei sollen exemplarische Workflows vorgestellt werden, die Ärzte teilautomatisiert in ihren Entscheidungen ausdrücklich unterstützen. Da Vertrauen in neue Verfahren eng mit Transparenz einhergeht, sollen deren zugrunde liegenden Prinzipien anhand der vorgestellten Verfahren aufgezeigt werden. Abschließend wird ein Ausblick auf eine mögliche moderne, hochintegrative Biomedizin gegeben. Sebastian Schaaf https://programm.froscon.de/2018/events/2218.html
EXCEL Calculation Continuous track Algorithm HTTP Computational science
Bioinformatik Computer science
Computer science
Bioinformatik Computer science Computer science
Mobile app Information Uniformer Raum Software Workstation API ARCHIVE <Programm>
Information Information systems Information systems
Microsoft Bioinformatik Software Information Open source SAP <Marke>
Database Operating system Web browser Firefox <Programm>
Bioinformatik UNIX Uniformer Raum Coroutine
NeWS
Project <Programm>
Enhanced IDE Uniformer Raum Project <Programm> Statistics Data management
Bioinformatik Usability Data compression Data compression
Information Bioinformatik Usability Data compression
EXCEL Table (information) Typ output Computer scientist Statistiker
Image processing Information Visualization (computer graphics) Image processing Data analysis Mischung <Mathematik> Side channel attack
IMPACT <Programmierumgebung> Freeware Google Uniformer Raum Side channel attack
Beta function CW-Komplex Coin <Programmiersprache>
Beta function CW-Komplex
Information EXCEL
Plane (geometry) Set (mathematics)
Plane (geometry)
Parametrisierung Modem
Instanz <Informatik> Parametrisierung Automation Set (mathematics) Linie Datenintegration Metadata Modem
TOUR <Programm> User interface Visualization (computer graphics) NIS <Programm> Data conversion Computer music Codomain
Pell's equation Datenintegration Digitizing Computer science Ecke Set (mathematics) Medizinische Informatik Computer science
Software developer Interface (computing) Moving average Formalisierung Set (mathematics) Medizinische Informatik Acoustic membrane
Software Open source Keim <Mathematik> openSUSE Formalisierung Multiprotokoll-Router Walkthrough
gut also noch mal ich hab den titel mehr
gestern noch mal angeguckt und mir ?berlegt was habe ich eigentlich versprochen und letztendlich ja ich will eigentlich bisschen einblick geben das
hei?t noch mal kurz im hintergrund ich bin zwar auch informatiker speziell
bioinformatiker aber letztendlich von der grundausbildung der biologe molekularbiologie immunologie so die richtung f?r mich war informatik dann immer m?chtiges werkzeug erstmal also letztendlich jetzt f?r die letzten paar jahren so in den medizinischen bereich
gerutscht hei?t letztendlich biomedizin ja ich habe mal so ein bisschen verst?ndnis schaffen also die froscon selber kannte ich bis zu meinem kollegen nicht gr??er an jens weil sie jetzt am live stream h?ngt ist n?mlich schon zu hause ja aber jedenfalls ich kenne die froscon eben von vom gef?hl her nicht ist mir das heute mal angeguckt und ja es geht hier um open source das ist mir relativ selten begegnet zumindest medizinischen umfeld deswegen wollte ich ein bisschen f?r verst?ndnis werben eigentlich so nach dem motto wo leben wir eigentlich gerade hin was tut sich gerade das tut sich eine menge und den eindruck vermitteln speziell f?r die entscheidungsfindung dann also erst mal biomedizin was ist
das klar man kann nat?rlich sagen gut studio und medizin ist eigentlich logisch das liegt dann irgendwo in der mitte das ist auch so aber was hei?t das in der praxis ich hab's mal versucht ein bisschen sortieren es gibt zwei klassische
bereiche die lange zeit wird behaupten
miteinander nichts zu tun hatten sie es ist einmal einerseits medizininformatik die gerade unter den medizinstudenten eigentlich eine relativ schlechtes image hat weil angestaubt datenbanken sql abfragen datenschutz das ist alles furchtbar kompliziert und es ist doch langweilig und abstrakt und muss es aber dann doch lernen das hat sich in den letzten jahren deutlich gedreht sogar eine lehre der andere bereich der so ein bisschen mehr fans jeder herkommt das bioinformatik der ist ich w?rde sagen gar nicht mal so viel j?nger sondern gibt es nat?rlich auch auf die auf die sp?ten siebziger zur?ck als die ersten daten aus den laboren kam ja die haben
eben auch viel erlebt in letzter zeit das hei?t eigentlich so seit der jahrtausendwende das sind jetzt immerhin auch schon 18 jahre 17 speziell human genom die ganzen sachen kennt man ja hat man schon mal was von geh?rt und das sollte ja alles in die medizin hat also f?r viel geld letztendlich ein human genome project aufgemacht also redete irgendwie von 100 millionen dollar und davon gesagt heute damit machen medizin besser zum schluss hat jeder seinen genommen auf der armbanduhr ich glaube so weit sind wir nicht weit davon weg aber letztendlich ist das eben nicht alles ja warum letztendlich damit ist es nicht getan was ebenso ein bisschen fehlt ist die verbindung zwischen medizin und mir
schon matic die ist derzeit schwer bekommen das ist nat?rlich irgendwo die
informatik als solche aber wie sieht es in der anwendung aus also medizininformatik nochmal ist eigentlich so der teilbereich patientendaten
verwaltung wie frage ich das ab wie mache ich das sicher also sehr konservativ eigentlich und die bioinformatik dagegen
man versucht eben viel mit algorithmen wie sie das mit datenstrukturen aus austausch wobei f?r die medizin informatik auch hier austauschen ein gro?es thema ist sind aber irgendwie grundverschieden und doch ?hnlich und manchmal der vollst?ndigkeit halber die pharmazie mit reingenommen wo also biologie und medizin auch wieder aufeinander sto?en das ist dann so richtung tumorbiologie auf der einen seite chemie informatik da gibt es eine ganze menge das ist einfach nur ein ausschnitt aber letztendlich man sieht schon das ist hochgradig interdisziplin?r also wir sehen da jetzt mindestens biologen mediziner und informatiker kurz gesagt das ganze ist ziemlich notwendig es ist schwer modernen schwer modernen klingt erstmal gut aber ehrlich gesagt die eigene erfahrung das ist ein kulturschock wenn ich wenn ich eine mediziner reden muss oder andersrum erf?llt sich so eher m?ssen mit mir reden das stimmt auch ist aber eigentlich unpers?nlich das ding ist dass er dann mit einer anderen fachrichtung spricht also interdisziplin?r ist in der praxis nicht so sch?n wie es sich anh?rt weil man sich eben nicht kennt das f?ngt bei der terminologie an bei der denkweise bei der sozialstrukturen alles m?gliche was man eigentlich will ist ein gemeinsames ziel erreichen was das ist ist dann wieder eine frage der fachrichtung sprich der mediziner m?chte speziell seinen patienten helfen das wollen wir nat?rlich irgendwo alle aber im einzelnen liegt es nat?rlich woanders also sprich ich m?chte vielleicht ein algorithmus weiterentwickeln ich m?chte auch spezielle daten zugreifen datenzugriff ganz wichtiges thema und vor allem nicht einfach letztendlich haben wir dann ziemlich ein melting pot eigentlich in kliniken was
hei?t das eigentlich damals systeme und software das ist nat?rlich im bereich und man
normalerweise nicht so sehr dran kommt das ist sehr geschlossen das f?ngt bei dem bei den netzwerken an zum griffs regelung so ist aus unserer sicht entwickler forscher ist es alles sehr stark was wir kennen nat?rlich ist das so genannte krankenhaus informations und arbeitsplatzsysteme oder cars cars da ist eigentlich vermeintlich so alles drin was in der klinik ab geht stimmt leider nicht letztendlich es gibt ein paar gro?e player in der richtung das ist exakt fahren mit orbis das ist manchmal das was hier in bonn l?uft sap ist ein ganz gro?er anderer hersteller es gibt noch ein paar wenige andere letztendlich eine klinik braucht so ein system das ist heutzutage unumg?nglich wobei ich selber gewundert habe nach den informationen die ich bekommen hat hat selbst die uniklinik bonn ich glaube anfang des jahrtausends dieses system bekommen und ich wei? nicht wie es davor gelaufen ist nicht gewagt zu fragen das anders auf papier war oder in excel sheets keine ahnung letztendlich dass die aufgabe von seinem kiss kasse themen au?erdem mitarbeiter zugriff auf die patientendaten bekommen zwar geregelt ist letztendlich neue abrechnung wenn ich eine klinik f?hren will muss ich gucken dass ich die kosten die ich da habe irgendwo wieder abbrechen und somit den krankenkassen das ist auch eine ganz klassische medizin informatik bereich ich habe auf der einen seite ganz klassisch diagnosen ist das icd 10 icd 11 ist in entwicklung ist eine terminologie system wo ich dann sagen kann ok der der terminus 28b beschreibt mir eine schilddr?sen mangelern?hrung sonstiges was wei? ich das sind eben diese dinge die man computer lesbar haben m?chte das ist auch nicht beliebig pr?zise sondern naja man versucht eben auf dem besten wege mit maximal vier leveln abzudecken auf der anderen seite gibt es eben die sogenannten apps sind die die codes um das ganze irgendwie mit behandlungen zu kodieren also was habe ich bei denjenigen gemacht und es gibt es die api mapping das hei?t letztendlich ja ich will nat?rlich so dass abbilden dass sich der krankenkasse glaubhaft vermitteln kann dass ich einen beinbruch mit einer op gehalt habe und ich mit ner auskurieren das hei?t es gibt gewisse mappings die sind erlaubt und solche die nicht erlaubt sind haupt- neben- diagnose und ganz klassisch medizininformatik vorlesung das l?uft alles in den kies ab und viel mehr eigentlich nicht nach dem was ich wei? sobald also umso daten gibt die die ja nicht naturgem?? rein geh?ren ich sage es mal massendaten messergebnisse aus dem labor die sind in eigene systeme ich habe mich gewundert wie lange das wort ist deswegen nutzen bedeutet die abk?rzung links und rechts sind so die beiden classic gro?en systeme labor management in dem umfang wie seiner klinik oder auch noch sogar an der uni klinik betrieben wird geht ohne einig das sind meistens historisch gewachsenen liebevoll gepflegte systeme die auch nicht so einfach integrierbar sind die haben also eine gewisse koexistenz da gibt es schnittstellen ich stelle mir sind wir sowieso vor dass die administratoren von beiden seiten das ordentlich ausfechten es ist eben relativ spiel sind es hat urspr?nglich nicht zusammengeh?rt so bergmann das andere ist die radiologie bildmanagement ganz gro?es thema so was geht nicht ins rein die hersteller der ger?te bringen der eigene l?sung mit und das ist noch nicht alles also ich hab mal geguckt was dann so bei google rausf?llt op management system wir haben heutzutage biobanken ganz gro?er bereich das ist eben nicht nur blut und ?hnliches sondern tats?chlich wirklich auch humor schnitte alles m?gliche das braucht nat?rlich auch ein system packs des picture akf system ist nat?rlich mit dem mit dem riems eng verwandt auch da gibt nat?rlich leute die das sch?n aus diskutieren was geh?rt wo was ist das noch ein klinik informationssystem oder ist das ein sekund?rer system weil da sind ja eigentlich keine richtigen patientendaten drin gro?es thema weil patientendaten immer schwierig sind der personenbezogen dazu kommt der ganze andere kram monitoring ich war vorhin m?nchen als ich das geh?rt habe dass die jungs dann tats?chlich in der in der ach so langweilige routine it irgendwie mittlerweile ein petabyte bereich kratzen das war schon heftig also das will nat?rlich irgendwie orchestriert werden da ist eine rechenleistung und die m?chte ganz gern aktiv betreuung telefonie ip telefonie auch gro?e umstellungen letzten jahren gewesen spielt alles daran bestellwesen und mag man kann die liste beliebig fortsetzen
was sind jetzt eigentlich klinische informationen also letztendlich habe ich meine so die definition ausgegraben
deswegen als zitat das ist klingt relativ sperrig ist es auch es gibt ein paar schlagw?rter wie zum beispiel dokumentation analyse befunde diagnosen so die rechte h?lfte das sind alles dinge die kette der kliniker eine anamnese was hat derjenige bz was habe ich mit ihm besprochen was habe ich f?r eine befundung eine ganz offizielle diagnose gehen wir den codierung bereich wieder rein was mache ich mit ihm therapeutika welche medikamente gebe ich eben das ist alles naja klinische informationen kommunikations unterst?tzung entscheidungsunterst?tzung allgemein gehalten aber man kommt relativ schnell in den bereich rhein- und spannend wird es dann ob diese klinischen informationssystemen in dem moment als medizinprodukt klassifiziert werden h?ngt zitat von der zweckbestimmung ab und kann nicht global beantwortet werden wer bestimmten das naja hersteller und anwender also wenn ich mir ein system rein hole muss ich erstmal nat?rlich wissen wie ist das mit dem hersteller der das ganze deklariert hat ist das medizinprodukt wenn ja was sind eigentlich die zehn produkte da wird
n?mlich auch noch mal interessant software ist ein medizinprodukt wer die hersteller sie zur diagnose therapie oder ?berwachung von krankheiten und verletzungen vorgesehen hat ja und das dazu noch kommt na ja ich gebe patientendaten ein und kann eine diagnose und therapie empfehlung ableiten damit bin ich auch im medizinprodukte bereich na gut das klingt es erstmal alles ziemlich k?nstlich ok medizinprodukte h?kchen dran ehe nicht dran weil das ganze ist ja ein bisschen aufwendiger das hei?t was dann auf mich zukommt ist erstmal gewinnen grunds?tzlichen dokumentationspflicht wenn ich solche software verwenden muss ich zusehen dass f?r den fall dass es schief geht das ist immer die grunds?tzliche belegung weil versicherungen m?chten die reine information haben musik dokumentieren wie ich das ding aufgesetzt habe wie es betrieben habe ich muss mitarbeiter schulen auch nicht ohne excel kann vermeintlich jeder bei anderen sachen sind es eben anders aus klinik arbeitsplatzsystemen cars da muss ich den leuten zeigen wie es geht wenn die da mist bauen na ja bei mir nicht sogar nachdenken wird nat?rlich gemacht f?r diese standardsysteme ich muss aber auch regelm??ig pr?fen l?uft das ding noch so wie es soll ich muss eventuell updates ziehen ich bin es auch update pflichtig das ist ein relativ engem regelte rahmen das hei?t wir sind bei zertifizierung und lizenzen und das hei?t nat?rlich ein konsequent geld also wir sind bei den ganzen medizinprodukten einfach einem bereich wo sp?testens durch das risiko f?r den patienten der sich nat?rlich in die betreuung einer klinik gibt bevor sachen kosten letztendlich das hei?t diese und ich bin jetzt mal hie? diese bastl l?sungen aus dem entwickler informatiker bereich das ist meistens so direkt mit der frage erschlagen ist das sicher kann man das anwenden was gibt's daf?r vergleichs geschichten nie das k?nnen wir nicht machen klingt also jetzt ein bisschen nach spa?bremse ist es vielleicht aus dieser sicht auch pr?sentiert die frage open
source wo man ja vieles machen kann wo man nicht vom hersteller abh?ngig ist wenn ich in dem ort etwas ?ndern m?chte oder dem sap aufwendig m?sste ich theoretisch wieder zertifizieren lassen und den ?nderungen am original produkt ja gibt es denn da ?berhaupt noch den witzen ich habe dann irgendwie direkt an dieser aussage gedacht open source und linux ist ja sowieso ein bisschen analog verwendet werden auch steven bauer kennt den ehemaligen ceo von microsoft der herzen 2001 in dieser aussage verstiegen linux w?re ja wie krebs das ist was ganz furchtbares und weil er der meinung war wenn ich irgendwo linux eins?tze und damit open source dann greift quasi dieser effekt um sich das war insofern nicht korrekt das war zu einem zeitpunkt wo die lizenzen bisher schon diese open source lizenzen die man einzeln stellen vielleicht auch schlecht beschrieben waren zu verschwurbelt er hat nat?rlich diese l?cke benutzen damit f?r sein produkt geworben zu sagen ja das ist alles spielkram das ist alles mist und im schlimmsten falle wegen ist einsetzt wurde ihr euch die tester ins haus stimmt nat?rlich so nicht der herbei einmal wusste dass auch er hat sich vor relativ kurzer zeit so sieht man das sind es gerade mal zwei jahre dabei nicht mehr ceo sondern hat seine nachfolge begl?ckw?nscht dass er sich jetzt an linux anlehnt und das ganze ein bisschen offener gestalteten das w?re genau richtig und relevant ist letztendlich in meinen augen sind wir wieder beim geld thema die sache mit dem umsatz steigern also kurz gesagt es geht eigentlich um geld wie ?berall im leben muss man leider so sagen und ja es war f?r ihn der richtige schritt heutzutage jetzt w?rde ich jetzt aus der aussage so herausnehmen so nach dem motto jetzt denken alles gut dann gibt es linux in koexistenz ich habe in m?nchen bioinformatik system aufgesetzt im routinebetrieb hat auch soweit funktioniert da gab es sogar lizenzen f?r suse linux enterprise server was jetzt nicht so ganz open source ist aber zumindest mal unix wo die bioinformatiker eigentliches als grundvoraussetzung sehen auf windows bearishe matic betreiben ist eigentlich effektiv blick geht nicht die hatten zwar so lizenzen aber es konnte sich keiner aus s?mtliche server arbeitspl?tze alles windows windows server 2003 dedizierte systeme alles m?gliche nur jahres haben wir auch kannst mal ausprobieren ich war ganz gl?cklich dass unser admin also im forschungsinstitut das gleiche eingesetzt hat und wir entsprechend helfen konnte aber letztendlich so?e ist jetzt auch nicht so der absolute standard man kommt damit klar aber wenn man von den eigenen land wo man das ganze ding aufsetzen muss kein support kriegen kann will ich ihn ja gut ist ebenso man kann es den leuten nicht vorwerfen das ist effektiv tatsache ja
aber gibt es trotzdem ich bin es heute morgen ist forum gegangen oder heute mittag und hab so ein paar dinge gesehen da unten war zum
beispiel my sql stand ist nat?rlich open source wird verwendet das gleiche gilt f?r firefox mann hat mittlerweile auch eingesehen dass internet explorer 6 keine alternative in der klinik ist auch wenn der irgendwie nat?rlich hardcore lizenziert ist und ja es war nat?rlich trotzdem irgendwann mal ein sicherheitsproblem firefox und mittlerweile breit akzeptiert es w?rden garantiert patches irgendwo laufen ubuntu wie gesagt hat mich jetzt pers?nlich nicht gesehen ist aber die realistische chance dass man so etwas auch mal sieht vielleicht nicht im direkten versorgungsbereich aber so daran was es sonst noch gibt und ich muss zugeben von den dreien die jetzt dastehen kenne ich pers?nlich nur open kliniker ?ber einen kollegen na ja und dann gibt es eben so ein paar tool boxen open e mail heute die website angeguckt da gibt es eben zitat software st?cke die sind kein out of the box ist funktioniert alles dinge weil man k?nnte sich da super bedienen das ist java code und mal einbinden und ja das ist ein startpunkt aber letztendlich eine klinik die komplett auf open source l?uft zu gro?en teilen die derzeit nicht es gibt eben gerade im forschungsbereich klinische studien da wird eben interessant weil die leute sehr stark zugeschnittene systeme oder oder interfaces brauchen da wird sowas verwendete super nat?rlich sehr aufwendig einfach das ganze zum entern einzurichten und so weiter
der realit?t ist es eben einfach so das war mal anders also vor ich sag es mal vorsichtig 25 30 jahren da wurde in einer abteilung geschmissen im klinikum gab es leute die haben sich f?r forschung interessiert und leute die haben sich interessiert f?r die routine die das musste ihm gemacht werden das ist auseinanderdividiert ich leiste ist jetzt ein bisschen von den erfahrungen in m?nchen ab das hei?t es gibt jetzt eine forschungs und einer oudin die forschungsarbeit ist meistens dann an der uni weil einige unis ihre unikliniken quasi ausgegliedert haben auf die problematik gehe ich jetzt gar nicht ein sind eben zwei geh?re sicher personen in dem moment aber naja was zeichnet die denn aus also die routine ist eben nur wenige definierte anwendungen die haben sehr enge anforderungen an zeit und pr?zision wenn es zu langsam geht dann naja wir mal so eine operation management system der patient liegt unter messer das soll bitte dann auch in echtzeit ablaufen leider ist sind diese leute chronisch unterbesetzt das hei?t man ist da sehr bem?ht aber letztendlich mensch hat
seine 100 120 prozent belastbarkeit und das war's trotzdem sind die leute team stark und die haben eben dieses big picture denken es ist also sehr sehr strategisch ausgerichtet so als tipp f?r das fotos kommen noch mehr punkte genau also entsprechend es passiert dann eine ganze menge was ist letztendlich v?llig anders als bei derart bei der forschung city doktoranden wissenschaftler forscher jeglicher couleur es gibt also eine ganze reihe von einzelk?mpfern die leider eben unter erfolgsdruck stehen man m?chte kreativ sein man braucht m?glichkeiten man muss sich auf diesen dingen irgendwie austoben es gibt also zahlreiche und richtiger anwendung eigentlich also wenn ich dann mit einem neuen tool in die routine einer these gehe und sage ich brauche das hier auf meinem auf einem windows-rechner das ist ein ding das brauche ich jetzt und damals war es tats?chlich der firefox da war so wie ich wei? es nicht und gut aber sei vorsichtig so gut also letztendlich routine ist kommerziell tats?chlich microsoft lastig die anderen konzerne sind nat?rlich da irgendwo mit bei wie gesagt ps kas und das ganze ist per definition konservativ auf der anderen seite forschung ist sollte nat?rlich frei sein ist unix orientiert ich gehe es von der bioinformatik ein bisschen aus und ist experimentell ich will was neues ausprobieren warum ist das gut zu fehler in der routine kosten menschen leben im zweifelsfalle und bei uns eigentlich nur zeitnah gut gelaufen h?tte man sich irgendwie sparen k?nnen gut ist ein erfahrungswert klingt so ein bisschen nach developern und administratoren finde ich ist auch so und das geht gerade zusammen ich meine der doping ist ein eigenes thema ist sogar eigentlich nur so vom vom von basware ding schon wieder im im abgang aber es ist eigentlich die analogie was ist aber muss ist open
source es geht gar nicht anders ich habe jetzt mal das beispiel krebsdiagnostik herausgezogen das war der bereich wo ich da hin wenn ich nun
unterwegs war ist hoch interdisziplin?r ich komme nicht mit nur einem mediziner oder onkologen aus ich brauche eben auch in epidemiologie also die mit dem statistik als eine klassische verbindung da gab es immer so ein bisschen ber?hrungs?ngsten versteht ja nicht mal braucht irgendwas man es abh?ngig ist bl?d aber geht schon da gibt es erfahrungswerte mit den informatikern das ?ndert sich jetzt gerade man muss mit den leuten reden das funktioniert auch so weit letztendlich habe ich hier bei der krebsdiagnostik so ein bisschen mehr pers?nliche daten also spricht patientenbezogene daten die nicht in kist rein geh?ren meinetwegen genomik ich habe ein tumor sequenziert und ich brauche das externe wissen dazu und zwar ?ber das wissen des einzelnen klinik ars hinaus ich brauch datenbanken es gibt den ganzen kram die bioinformatik ob das letztendlich aufgebaut ?ber 20 30 jahre wie komme ich da dran ich meine klar alles was website getrieben ist kann ich machen ich kann mich bei ncb einklinken und sagen gut hier gehen wir mal irgendwie das sind das gehen und zeigt mir dass man im kontext ist aber alles website eignet sich nicht f?r meine pers?nliche fragestellungen und vor allem nicht f?r den breiten kontext geht gab es kurze und lange total gut wo das die jeopardy gewonnen und jetzt machen wir damit krebsforschung weil das ding bisher nur daten einsaugen und daraus dann entsprechend vorschl?ge generiert martin sheen war dann der das tech world na ja das sind so ein paar news jetzt
ausgegraben haben die auch google
rausgefallen sind also snbn da ist ganz gro?es spezialisiert das klinikum mit den usa das ding ja installiert mit ibm sehr zusammengearbeitet die haben alles m?gliche da reingesteckt letztendlich 62 millionen dollar werden angerechnet die ansage war dann so naja das ist da w?rden also behandlungsempfehlungen rausfallen die werden t?v f?llig die werden v?llig daneben also mach das ding jetzt dann aus sicherheitsgr?nden per notbremse gestoppt gestoppt nicht deinstalliert also es ist irgendwie noch da aber das wird nicht mehr verwendet ibm beklagt
sich naja die h?tten das ganze dinge trainiert auch nicht echten daten und danach h?tten sie das ganze datenmanagement systeme umgestellt und dann kann das ja gar nicht funktionieren also ist wieder so ein bisschen kommunikations problematik aber auch wann welche daten darf ich eigentlich dran und und wie sehen die haus ist eine etwas ungl?ckliche geschichte man hat eben hoch gepokert und hat dementsprechend verloren todt ist das thema nicht aber ist eine ern?chterung
was aber derzeit tats?chlich fakt ist und das passiert in den gro?en uni kliniken sind die sogenannten molekularen tumorboards das hei?t ich
habe fachgremium und das sieht dann auch wirklich so aussetzen dann leute einige mit laptop projektionsfl?che wie auch immer das und kliniker beide sind biologen spricht humor biologen speziell dabei und ich habe daten analysten bioinformatiker statistiker epidemiologen und so weiter und so fort das ist vom fall abh?ngig da werden also wirklich 12 35 leute in wenigen stunden gesprochen und von allen seiten beleuchtet so die idee ist nat?rlich wieder so ein bisschen werkzeug abh?ngig
bioinformatik ganz kurz extrem open source orientiert finde ich toll im moment gibt es eine bewegung als einigen jahren von tools zu plattformen und workflows mich interessiert eigentlich gar nicht mehr was macht das einzelne tool ich versuche mich eigentlich bei dem ganzen von von vallourec auf usability bis hin zu fokussieren weil die algorithmen sind gut muss man einfach so sagt ich werde mir ganz gern galaxy hat sich so ein bisschen raus kristallisiert dass das die plattform ist die gut funktioniert hier angenommen wird die echten userbase hat und in meinen augen sehr erfolgreich was sich allgemein machen will in dem bereich ist eine datenreduktion und abstrahieren also w?rde ich im prinzip daten ?ber f?hrenden neues wissen das ist n?mlich nicht das gleiche das
hei?t ich habe irgendwie bio probe ich habe ein ger?t was der mir daraus daten
generiert das ist meistens so gigabyte ist er aber ich habe eine magische maschinerie hat das ganze ja verarbeitet da ist auch viel handarbeit dabei und zum schluss eine aussage das ist meistens eine liste der liste von den namen zum beispiel das habe ich das
ganze entscheidungsunterst?tzung genannt das ist den entscheidungsunterst?tzung oder was sind denn diese systeme die sollen mich und das ist eben das wichtige daran dass der richtige wort ist nicht entscheidung sondern unterst?tzung also letztendlich muss ich diese diesen eindruck loswerden dass sich zwar vieles wei? aber noch viel mehr nicht wei? also letztendlich der kliniker ist heute in der position zu sagen ja gut er ist irgendwo immer noch gegen?ber den patienten der halbgott in wei? aber wie das uns allen so geht es jeden tag mehr dass ich weniger wei? also es ist unglaublich viel kram unterwegs und was mir so ein system eigentlich machen soll ist ziehen wir die informationen zusammen und stellen die mir so dass sie mir helfen also sind wir bringt es eigentlich nicht in google um zu f?hlen das ist zwar immerhin schon eine suchmaschine aber das sind fachinformationen die ich suche und zwar auf der meinetwegen auf der genetischen auf der protein ebene stichwort multicore expo gucke ich als erstes hin ich habe also unglaublich viel information und daten aber ich kann ja nicht alles gleichzeitig aufnehmen zumindest nicht in der form wie die sache normalerweise davor liegen also letztendlich braucht forschungs option welches gen gucke ich mir als n?chstes an und ich brauch therapiepl?ne den besten fall so nach dem motto punkt du bist typ b da m?ssen wir das k?nnen wir nicht gestand optionen nehmen da m?ssen wir das andere medikamente nehmen weil begr?ndung ist auch mal gut wichtig ist aber der behandelnde arzt trifft die entscheidung zum schluss selbst also diese diese angst oh gott jetzt kommt kollege computer und nimmt mir die arbeit ab und der patient sagt gut ein computer entscheidet f?r mich das aber nicht gut gibt es gab es ist unterst?tzung noch mal und was rein spielt ist letztendlich die praktische erfahrung das ist so meine und die meiner kollegen ich muss also wissen was ist da in der vergangenheit schon schon gewesen und im uniklinikum sich nat?rlich mehr als er nach hause arztpraxis ich kann aber auch gl?ck haben es ist limitiert von vornherein ich habe leitlinien der fachgesellschaften das hei?t meinetwegen bei brustkrebs wurde das auch gut ein bisschen die molekularbiologie reingegangen ist gibt es anweisungen wie den und den test als erstes abh?ngig vom ergebnis ist es wirklich ein entscheidungsbaum auch das sind nur empfehlungen der kliniker entscheidet und na ja da habe ich eben die ganzen rutsch publikationen das ist extrem viel ich hab mal nachgeguckt derzeitige sch?tzung und der zeit von 2010 eine verdopplung der publikation alle 13 jahre das schaff ich beim besten willen nicht zu lesen vor allem nicht mit klinikalltag auf keinen fall ich bezweifle dass das f?r wissen gilt die publikation das ist sind immer mehr auf publikationen und nicht auf inhalt ausgerichtet weil man damit eigentlich belohnt wird zwei paper mit wenig inhalt bringen mir mehr film gehe auch immer was da eben angerechnet wird als mein forschungserfolg als ein gro?es was ich mit negativen ergebnissen es ist v?llig um popul?r zu sagen das hat nicht funktioniert ist f?r mich eine wichtige information wenn ich wei? dass medikamente auf krankheit es nicht funktioniert zumindest in diesem patienten und noch in drei weiteren wer sehr gut dass bei dem n?chsten nie auszuprobieren letztendlich das ist jetzt mal so einen
tats?chlichen ausschnitt aus meiner situation man landet immer bei excel tabellen deswegen habe ich das in den titel mit reingenommen das sieht erstmal sch?ner aus weil man hat ja strukturiert informationen vorliegen
das ist eine ?bliche situation t?r fliegt auf ich habe hier eine excel tabelle auf dem usb-stick und freudestrahlend da h?ngen dann meinetwegen schon mal ein halbes jahr arbeit davor vielleicht auch mal zwei terabyte daten und ganz viel und hin und her und dann ist die frage was mache ich damit h?ngt total von use case ab generell gilt aber als input ist das gut weil strukturiert ich kann das einlesen in erin sonstiges aber als output ist es eigentlich ich w?rde es nicht wagen k?rperverletzungen aber es hilft mir nicht also letztendlich wenn ich jetzt also acht den namen hab ist okay dann kann ich damit in irgendeine datenbank gehen und sagen wir bist du eigentlich damit ist mir schon mal ein bisschen geholfen wenn ich aber nach allen reduktionen die nach nach automatisierten methoden ich dann immer noch auf 520 lande von 20.000 gehen vielleicht dann ist das eine tolle reduktion habe ich freude an den ganzen feierabend also irgendwie hilft mir das auch nicht so wirklich weiter der punkt ist eben gibt es eine sch?ne publikation zu das gehirn arbeitet parallel und mich sequenziell wenn ich das tabelle habe oder volltext dann muss ich das ganze sequenz ihr lesen ich kann das gar nicht speichern also letztendlich irgendwann gibt es den ber?hmt-ber?chtigten stack overflow indes war es mir geht und gehen auch sachen also letztendlich visualisierung denn das ist so der ganze themenbereich
visual analytics ich kann parallel verarbeiten der mensch ist ein top muster erkennen keine unglaublich viele informationen aufnehmen er kann das aber nicht mit solchen abstrakten geschichten wie tabellen und text aber er kann es bildern es gibt diesen bl?den spruch ein bild sagt mehr als tausend worte und es stimmt und dann dem bild fand ich auch einfach witzig dinge die man im hinterkopf hat ja auch das sehzentrum also letztendlich da ist der visuelle kortex untergebracht die information die abstraktion der ganzen geschichte so etwas was ich sehe zu interpretieren passiert nat?rlich weiter vorne aber da f?ngt alles an das hei?t wenn ich ein tolles bild krieg und wenn das auch noch so abgespeist aussieht wenn das irgendeiner logik folgt kann ich daraus irgendetwas rausziehen einfachster fall trafen ich kann mir eine gro?e tabelle angucken kann man das ganze auch grafisch flotten und aufarbeiten wunderbar ich sehe vielleicht versteckt das musste zum beispiel dass ich eine brutale verteilung habe dass sich zwei kojoten in der studie zum beispiel unterscheiden in bezug auf einen wert und ich dass ihr dann nicht einfach zusammenschmei?en kann ich sie vielleicht auch dann eben genau diese bei ist es und kann sagen okay das geht so nicht ich muss das eben vorher normalisieren irgendwie damit vergleichbar ist und ich kann trends erkennen wenn nicht eine ansteigende zahlenreihe habe sehe ich das vielleicht aber mir ist das absolut klar wenn ich es als plot vorliegen habe dem bereich bildanalyse kollege formierte team hat heute heute doch heute noch einen vortrag zur bildanalyse gehalten also segmentierung das ist ganz klassisch in der radiologie letztendlich wo ist der tumor ich m?chte mir vielleicht keine hundert tausend bilder angucken gerade wenn es um schnitt geschichten geht also ich mit wlan aus dem ist dem stapel von 500 bildern die drei st?ck haben wo der kleine tom oder auf ist ich bediene nicht alle durch kriegen kann ich nicht irgendwann werde ich eine mischung da kann ich etwas ?ber sequenzierungen macht segmentierung machen ich kann mit farben arbeiten also sowas wie negativ bilder da gibt es eine ganze reihe tolle sachen wir sind es mit wissen jetzt also jemanden letztendlich wissen ist ja nicht das gleiche wie daten und es ist vor allem viel viel abstrakter es gibt eine ganze reihe von m?glichkeiten hier gilt umso mehr da h?ngt vom use case ab also wenn ich beziehung in dem sozialen netzwerk zum beispiel ich habe es dann netzwerke schon drin stehen darstellen will dann sieht das vielleicht vielleicht anders aus als wenn ich jetzt eine explosions zeichnung von dem motor darstellen m?chte 7 endet im prinzip ist ja relativ egal aber jetzt mal raus gezogen habe ich mal jetzt suchmaschinen und netzwerke klingt erstmal nicht so intuitiv wenn wir von visualisierung sprechen
aber ja gut suchmaschinen google kennt jeder glaub ich wieder kennen auch da ganz tolle alternativen zu grunds?tzlich ist es aber so dass ding sucht mir anhand meiner suchkriterien die als sechste ein gebe die aber f?r mich eine bedeutung haben die dokumente raus die potenziell das sind was ich suche oder das enthalten was ich suche wenn es gut l?uft wenn sogar die sachen geheiratet die suche das hei?t ich brauche mir nicht den ganzen text durch lesen sondern ich wei? welcher abschnitt das ist das ist ?brigens genau wenn man es automatisiert der bereich den wir bei uns am fraunhofer-institut hier in sankt augustin machen unter anderem text mining also wo finde ich informationen wie kann ich die aufarbeiten wie kann ich dir auch verallgemeinern wenn ich jetzt zum beispiel nur gene suche kann ich bei google zum beispiel schon nicht mehr gehen suchen sondern ich m?sste jetzt namen eingeben kann ich nicht immer will ich nicht immer deswegen haben wir bei uns dass wir erst mal so als beispiel sky view ist unsere eigene suchmaschine f?r f?r oft pubmed zu arbeiten auf der datenbank wo ich
eigentlich anderen suchen kann das habe ich hier angegeben ich suche jetzt publikationen wo irgendwas mit darmkrebs ist wo das human protein p53 erw?hnt wird randnotiz das sind ganz viele weil das ist einer der hauptschalter und ich m?chte dann auch die haben die irgendwie leo plasmen mit enthalten so nach dem motto ich interessiere mich f?r die verbindung zwischen damen- und lungenkrebs dann kriege ich sowas
das ist jetzt auch nicht wundersch?n also nach dem motto wie an wie so was wie netzwerken und erstmal sagt sch?n aber ich finde zumindest die sachen die suche und zwar nach kategorien also ich kann jetzt eben sagen gut hier habe ich krebs erw?hnung da sind w?rter wie tumor lang cancer cancer tumore genesis und so weiter also ich hab dann schon mal verallgemeinert das mache ich als leser auch aber das kann ich eben nur mit wenigen publikationen machen das ding macht das eben mit allen 20 millionen dokumenten wenn es sein muss die derzeit in der partie drin stecken netzwerke wie
gesagt ich pers?nlich finde die sch?ler haben nat?rlich einen anderen zweck also letztendlich das jetzt auch wieder so ein so ein beispiel aus meiner dissertation zeit da ging es um funktionale interaktionen von proteinen also das sind gibt es da irgendwo eine datenbank wie der tabellarisch strukturiert wie auch immer aus denen habe ich dann was aussortiert und gesagt naja dann sortiert die nur bitte mal nach verkn?pfungen gratis ist auch inhalte automatisch per algorithmus stellen wir mitte fest welche sachen der funktional zusammenh?ngen als cluster deswegen die verschiedenen farben und dann sehe ich das hat irgendwie struktur irgendwie sagt mir das was also wenn ich jetzt wenn ich dann gucke zum beispiel wo gibt's der dinge die ich wieder erkenne sitz von der farbe nicht ganz so toll aber zum beispiel oben links dieser relativ zentrale dunkelblau gr?ne cluster das ist dann aus der immunologie zum beispiel mechanismus f?r die erkennung von von von irgendwelchen fremdartigen proteinen mhc 1 war es zum beispiel und sagt bott all das weist das ding gar nicht etwas clustered mir das irgendwie alles zusammen die information ist also irgendwo da das ist jetzt bisher nur eine wissens prison repr?sentation das sieht bei dem den
genauso ausnahmen aber keine struktur sondern auch eine forschungsarbeit von
unsere eine ?ltere von 2015 wird bei uns liebevoll der herr boy genannt man erkennt da eigentlich erstmal nicht viel der witz ist das wissen ist da drin und ich kann notfalls dann da rein zoomen und sagen moment mal ich interessiere mich aber f?r die 3 h?ngen die wir h?ngen die irgendwo zusammen ich kann pfade suchen da ist eben ist keine strukturierung passiert wie auf der linken seite aber da der informationsgehalt ist der gleiche oder ?hnliche je nachdem was ich ja beim play
machen wird ist meine daten in dem kontext sehen und da wird eben interessant denn wie anfangs gesagt ich habe grunds?tzlich daten und ich habe wissen ich m?chte die beiden einig zusammenbringen weil daten und messungen ohne kontext impliziten packt man jede
menge kontext dazu auch das silber ist limitiert und normalerweise dass es eben die klassische excel tabelle mit den informationen nicht saison gehen namen und wenn ich sehr tief in dem feld drin bin da sagen vielleicht auch toll den den kenne ich und das wird ihn wiedergefunden haben ist ja gro?artig und dann sind daneben aber vielleicht sieben
andere wo ich dann vermeintlich erst mal denke es ist jetzt ein zufallstreffer das hat damit nichts zu tun und ich hier sofort wieder auf die sachen die ich kenne ist vielleicht nicht ganz so geschickt ist ein menschliches verhalten
man suchte man das was man kennt man
sucht eben wieder muster aber ich will ja vielleicht wissen na ja was ist denn dein neues vielleicht ist ja irgendwas was wir vorher nicht gesehen haben und gerade wenn es um so was die molekulare modellierung geht wie funktionieren zellen also vor zehn jahren h?tte ich auch gesagt dass es v?llig illusorisch dass wird mathematischen modellen darzustellen jetzt als die datenlage gibt und wissen generiert worden ist sieht es schon anders aus ich kann zumindest sehr starke signale auch sehen und interpretieren und ableiten na ja ich m?chte kurz gesagt meine daten eigentlich im konnte ich habe jetzt mal die die karte genommen die ich erst auf der seite davor hatte und aus meinen
analysen sind die drei gr?nen doppels
rausgefallen und jetzt wei? ich zumindest mal grunds?tzlich wo liegen die ihr in welchem funktionalen module sind die eigentlich zu finden wenn mir der kollege jetzt gerade nicht sagt weil sich zumindest ach guck mal das h?tte ich auch ?brigens nach gucken k?nnen auf irgend einer website der geh?rt ja zu dem und dem park w?re der geh?rt zu meinen deswegen durch den wachstums hormonen oder sowas oder zum bereich immunologie und dann speziell
zudem und im unterbereich zum beispiel zur aktiven und immunologie das kann ich schon mal sehen ich kann aber auch den kontext sehen zudem violetten babbel das ist n?mlich der repr?sentant quasi f?r das molek?l wie f?r das ich mich interessiere das ist ein oberfl?chen- rezepte der auf krebszellen viel zu h?ufig da ist und f?r wachstum sorgt da geht man antik?rper gegen also hei?t meine patienten die hinter dieser ganz neue analyse stehen die bekommen dieses medikament und reagieren verschieden da drauf warum ist das eigentlich so vielleicht weil die da in dem zusammenhang irgendwie unterschiede haben zum beispiel dass einer von diesen gr?nen modifiziert ist und dann dementsprechend effekte im netzwerk welche effekte des ungef?hr hat und was ich mir auf dem vater zwischen angucken will das kann ich mir nat?rlich bei so
einem netzwerk total easy rausziehen und sagen gut das ist jetzt immer noch abstrakt aber ich habe diesen violetten ich habe den gr?nen ich habe auch noch so rothe das ist der k?rzeste fahrt zwischen den ganz klassischer graf algorithmus was ist was ist denn der die gesamtzahl der k?rzesten pfade zwischen allen beteiligten ich kann jede menge fragen stellen die ich vorher nicht stellen konnte beziehungsweise ich konnte sie stellen aber ich h?tte mir die per hand m?hsam raussuchen m?ssen und ich wei? nicht wie lange es dauert aber es macht keiner ist aus gutem grund also letztendlich wenn ich so netzwerk habe und das auch noch interaktiv ist kann ich damit zumindest weiterf?hrende fragen stellen oder ich wei? wo ich hinkommen muss das ganze
bringt uns eigentlich dann zum themenbereich interactive user interfaces das ist also genau das was ich gerade gezeigt habe also das ist ein screenshot aus einem programms games werden wohl einige leute kennen mit dem kann ich mir daten reinziehen ich kann die visuell darstellen ich kann die manipulieren ich kann sagen hier filter das l?scht das macht das wegschiebt das r?ber ordnen wir das neu an das ist eine work bench nichts anderes und letztendlich klar den patienten indem man sich nicht mehr aber die interessiert mich auch nicht es geht mir darum zu verstehen was passiert dahinter und genau das kann nicht machen es ist also irgendwie intuitiv und es ist vor allem gro?artig m?chtig das wort ist vielleicht ziemlich gro? aber es ist es wirklich das ganze ist im besten falle hoch vernetzt mit internen und externen daten sprich was habe ich eine information f?r protein interaktionen was habe ich jetzt noch an weiteren daten aus meiner studien kurorte die jetzt in den letzten jahren gelaufen ist ich will aber vor allem eigentlich unabh?ngig sein von spezialisten auf der technischen ebene hei?t von mir denn der bottleneck bin ich ziemlich ?berzeugt derzeit ist der bioinformatiker letztendlich wir sind nicht viele vergleiche stadt m?nchen hat somit den gr??ten studiengang und die haben pro jahr so circa 30 masterabsolventen wenn die zahlen ist aktuell anders aussehen sollten sie mir verziehen aber letztendlich die gr??enordnung zeigt und wir k?nnen helfen selbst wenn du seiner kapazit?t erkunden der witz ist dass diese menschen die wie daten ran schleppen wissen in welchem kontext sie sind das hei?t die stellen die viel besseren fragen und letztendlich wenn man die l?sst auf ihren eigenen daten um zu h?ren hat man davon was was dir bei blockiert ist eigentlich zu wissen ich brauch so ein informatiker es ist schwierig weil er versteht mich ja nicht bei so einer geschichte braucht er mich nicht verstehen und andersrum auch nicht aber wir haben zumindest eine gemeinsame sprache jetzt tr?umt man von sowas
es ist eigentlich ganz toll das ist auch so die perspektive dass wir es gerne projiziert wird derzeit f?r die molekularen tumorboards es eben nicht jeder nur seinen laptop hat und vielleicht ein beamer sondern dass man das so fans hier ?ber schmei?en kann so star trek m??ig es gibt startups die haben diese dinge es gibt sie teilweise schon in kliniken und wie man ist witziger weise sieht das ist jetzt eine bildaufnahme das ist wieder radiologie also letztendlich ist so die da die
grundidee wissen zu sagen na ja ich muss nicht immer ein original leichen herumschnippeln weil vor allem wenn ich die zerlege dann sind die auch hin?ber ich kann rein so einen brauchst du mich kann organen gruppen wegnehmen und dahinter liegen echte daten also letztendlich wird die mrt scans cts und so weiter man kann dinge ein scherben bildmanipulation da sind wir wieder bei dem thema und das k?nnte man genauso gut leben mit molekularen daten machen warum nicht sind wir leider noch nicht entfernt fakt ist ich muss tools und
workflows vorbereiten das l?uft nicht von alleine also ich kann nicht den nicht dem anwender zumuten zu entscheiden welches tool er benutzen m?chte ich m?chte mussten relativ viel vorbereiten und ihm die freiheitsgrade lassen die f?r ihn sinn machen also auf einem sehr sehr hohen level parameter k?nnen dann so etwas wie farbe oder ?hnliche sein das reicht schon also als vergleich das ist der sehr
vereinfachte workflows der aus der dissertation tats?chlich die linke seite
ist quasi der kram mit den mit den wirklichen patientendaten die ja dass man dieses ist dieses verf?gbare wissen dass flie?t an einem bestimmten punkt zusammen das ist auch nicht voll automatisiert und naja es ist eben sehr auch wenn nicht was der kliniker aber eigentlich wissen will ist ja der bereich er m?chte sich selber spiegeln und sagen ist das und ideen entwickeln der will
sich das ding angucken manipulieren das ist ein integrativer prozess und wenn er richtig gut drauf ist dann will er vielleicht graf algorithmen anwenden um wenn das nur per button klicken ist egal
was gibt's derzeit es gibt ein paar
speziell diese tools also wie gesagt bei der eine radiologie gibt es einiges was man machen kann die sind eben per definition sehr visuell unterwegs ich sag mal so im studiendesign gibt es einiges datenbank abfragen was habe ich patientenrekrutierung studien zentralen da passiert derzeit eine ganze menge in der forschung sind eben viele generische geschichten also ich nehme jetzt in zweiter instanz her und versuche die entsprechend so aufzusetzen mit daten zu f?ttern da sich das bekommen was sie haben m?chte ist wieder sehr aufwendig generell gilt das noch mal ob das kiss zur?ckzukommen daten au?erhalb sind effektiv verweist wenn ich messdaten habe in einem labor system habe ich eigentlich als user mit user man nichts man zum zum beispiel den behandelnden arzt in allererster linie eigentlich keine chance darauf zuzugreifen ich muss dir anfragen ich krieg vielleicht wenn es ganz schlimm l?ufen papierausdruck ich komme an die sache nicht dran und dementsprechend muss ich diese dinge mehr manuell heranziehen das gilt auch f?r das offizielle wissen drau?en im internet wor?ber ich im prinzip gespr?che ganz gro?e eigene themenbereiche sind datenextraktion wieder um integration das ganze zu normalisieren und letztendlich mit einer symantec zu belegen semantik ist ein ganz tolles schlagwort ganz simpel eigentlich was ist die bedeutung dieser sachen die ich habe einen zahlenwert die maschine muss grunds?tzlich verstehen was hei?t das kurz gesagt habe metadaten und boni die metadaten sind die daten eigentlich f?r f?r die automatisierung nichts wert muss man ganz klar so sagen das kommt jetzt gerade der gro?e schritt den wir jetzt
gerade eigentlich nachvollziehen ist ich will diese daten sehen das ist wie gesagt ist eigentlich prim?r zur abrechnung hat mit visualisierung nicht viel am hut bei sap kennt es hat immer so diesen leichten 90er jahre anstrich es ist funktional es ist aber nicht daf?r da durch daten durchzuf?hren ist soll auch verhindert werden also jetzt aber ich habe selbst als behandelnder arzt habe ich ein problem auf meine patienten so zu greifen wenn ich solche sehen will wie das mit den letzten 50 patienten ist die ich behandelt habe mit der un der medikamentierung das umrechnen dann also die kriege ich so ohne weiteres nicht da sind teilweise medizinische doktorarbeiten die besch?ftigen sich monatelang damit aus irgendwelchen omin?sen datenquellen informationen rauszuziehen damit ich die erstmal an der hand habe das k?nnen eben auch excel tabellen seine word-dokumente alles m?gliche die integration ist eben auch das was wir gerade in einem projekt machen mit der uniklinik hier in bonn und das scheint zu funktionieren die perspektive des weges um so ein bisschen am rand die werbung wir haben uns f?r dieses tool entschieden qlikview ist kein open source produkt ganz klar aber es bringt eben diese visualisierungs
geschichten mit das ist jetzt ein interface das haben wir eben in der google bildersuche liegen f?r irgendwelche business intelligence cases zum einfach sieht okay was habe ich verkauft das gilt nat?rlich auch f?r die ganzen klinischen daten wir haben sich die menschen verhalten wie es mit den messwerten das wollen wir nicht zusammenbringen das ist eigentlich nur die essenz aus dem ganzen thema datenextraktion und integration ich muss das irgendwie ein system bringen wo ich das strukturiert abfragen kann also eine datenbank eigentlich normalisieren muss ich das unter umst?nden auch das hei?t wie kriege ich diese sachen eigentlich so zusammen dass sich die ?ber 15 jahre auch gemeinsam verwenden kann manche legen gab es ein anderes messger?t ab 2008 das hat einen anderen wertebereich da gibt es dinge jenseits von gut und b?se die sind einfach fakt hat sich auch keiner was bei gedacht w?re auch gar nicht drin gewesen im prinzip gucken wir jetzt das wird aufr?umen aufr?umen klingt wie totales chaos sei der betrieb funktioniert eben einfach aber sobald es um forschung geht und freie fragestellung wird es eben schwierig spannender weise gibt es jetzt
vom bmbf eine f?rderung ich habe es mal gerade ein bisschen hervorhoben ist die sogenannte informatik initiative und letztendlich
wichtig f?r f?r die ganze geschichte ist das sogenannte datenintegrations zentrum tolles wort wird an mehreren standorten so die h?nde dass es gibt mehrere konsortien die so ein bisschen in ich will nicht sagen konkurrenz aber naja im parallel gef?rdert werden und man nach so ein best-of daraus machen also letztendlich ist die ganze idee der geschichte ich m?chte daten aus der krankenversorgung aus der forschung zusammen f?hren um mit denen was sinnvolles machen medizininformatik plakativ gesagt aus der staubigen ecke raus f?hren das ist auch dringend notwendig medizininformatik ist nicht mehr datenbanken und sql abfragen das ist einfach vorbei das ist selbstverst?ndlich die sachen sind letztendlich da aber wenn ich jetzt anfangen will mit so was wie semantik na ja das wird eben in der medizin informatikausbildung ich lass mich auch gern korrigieren nicht so wie ihr zentrales themenfeld gelehrt das ist ein paradigmenwechsel also letztendlich ist das hier so ein bisschen jetzt machen wir es richtig und das ist auch der einzige weg also ich wei? nicht woher das hervorhoben da dr?ben 150 millionen euro gehen ?ber die n?chsten jahre da rein das klingt jetzt erst mal viel da bin ich hier die menge an partner mehr angucken das wird auf jeden fall ankommen es ist nur die frage was passiert ist ist eine ganz spannende fragestellungen ist was neues wir werden sehen was da passiert aber diese datenintegration zentren sind der erste schritt was ich dann damit nachher anfange neben
einzelnen das kommt eben auf den themenbereichen also das ist vertreten steht hier unten sogar drin spezialisierung in multiple sklerose parkinson kardiologie alles m?glich es ist also erstmal die medizin so ein bisschen versucht abzubilden und jetzt
habe ich relativ wenige ?ber
entscheidungsfindung konkret geredet einfach weil sie noch nicht so wirklich gibt also nicht so dass es sich f?r den ganzen tag lohnt jetzt ohne werbung zu machen ist es ist alles am anfang eigentlich also ich rede jetzt nicht von von diesen forschungen sind nach dem motto epidemiologie und ich gehe ein tumor ist dann gucken wir mal an was gibt es da so und sondern wirklich in enger verzahnung mit dem patienten das nennt sich dann heute neudeutsch dann bench to bedside also quasi vom von der labor banken bis hin zum patienten man das bett dass man das als regelkreis hat dass man die erkenntnisse direkt wieder zur?ckgewinnt und naja stichwort erkenntnisse was haben wir jetzt eigentlich theoretisch gerade mitgenommen also medizin er?ffnet sich die medizin ist tats?chlich per definition ein sehr konservatives gebiet gewesen das ?ndert sich jetzt und man ist jetzt nicht dabei zu sagen gut wir m?ssen uns mit informatikern mit statistikern und so weiter zusammen setzen weil wir gucken m?ssen was wir vorliegen haben wir wissen es nicht genau keine anklage ist einfach so das passiert jetzt die leute die sich dagegen gesperrt haben die sind eben langsam einfach nicht mehr dran das hei?t es kommen jetzt junge leute nach junge ?rzte da ist ein gewisses interesse daran das hei?t aber auch f?r die medizin informatik es gibt ein paradigmenwechsel wie eben gesagt hat das ist also deutlich moderner es wird unglaublich breit vom blumenstrau? der der m?glichkeiten und der notwendigkeiten und tats?chlich ist es einfach so dass derzeit der wunsch nach dem sogenannten digitalen oder auch gl?sernen patienten integrative diagnostik und der wirklichkeit ich habe im besten falle ein archipel von von inseln die hier verbinden muss da ist eine l?cke die muss ich schlie?en irgendwie was sind die folgen es gibt eine ganze menge mehr von anwendungen und projekten in diesem biomedizinischen bereich das wird massiv ausgebaut da wo es ja die mediziner und na gut das machen wir dann mal wenn es so richtig gut ist die weil die so konservativ sind es kommt jetzt es ist einfach da und letztendlich muss ich zusehen wie ich darauf reagiere das ist einfach eine frage von gespr?ch und das organisieren was spannend ist und da geht es den open source bereich es geht um alte tun denn eigentlich die wissenschaft lebt vom prinzip der reproduzierbarkeit wie kann ich eigentlich in so einem umfeld den deltas 10 garantieren wenn so ein system stabil wenn ich das gut eingerichtet habe wenn ich das formal gemacht hat sicherheit ist das andere gro?e thema mich l?sst keiner an seine daten v?llig zu recht wenn ich sagen ja kannst mir das mal eben kurz denn exor ?ber kopieren ich mache da was oder wir haben diesen tollen service der steht im internet und kannst du das nicht in microsoft healthvault einladen oder was es da alles gibt stichwort gesundheitsdaten gegen klinische daten es ist ein himmelweiter unterschied auch die den schon mal so dann auch die entwicklungen gab es ja schon bereits also und sicherheit klare kiste gibt es gab es wird weiter gef?rdert und das ist nicht nur ssl und ?hnlich ist das sind auch datenschutzkonzepte ich hoffe das mag anonymit?t anonymit?t und diversit?t in den raum das sind konzepte die gibt es auch schon die sind implementiert die m?ssten nur konsequent angewendet werden an diesem neuen schnittstellen kurz gesagt es wird eben extrem progressiv diversen bereichen also jeder der irgendwie mit biomedizin im entferntesten was zu tun hat naja der wird damit in ber?hrung kommen das ist eine komplett eigene welt und es wird eben spannend letztendlich um das hinzustellen ist ein chancen ich muss ehrlich zugeben gegen eine oder andere mediziner hatte ich vorbehalte und es ist aber einfach spannend also letztendlich was selbst rumkommt ich will nicht sagen man kann nichts falsch machen aber das dass sie sich so eine b?chse der pandora auftut ist selten eigentlich von daher w?re dann so eigentlich meinen werben noch mal um verst?ndnis das kann man deswegen im vollbild mich sehen das hier ist ein windows rechner ich verteidige das immer ich habe den eindruck ich muss es verteidigen ich habe meine abschlussarbeiten in word geschrieben ja genau da fliegen schon die ersten fl?chen sehr sch?n es ist egal letztendlich hauptsache es funktioniert und wenn zum beispiel in so einem bereich wie der medizin- und 90 prozent 95 prozent auf windows l?uft muss man
das schlucken punkt also von daher dann geht auf java oder paten das ist dann ist es egal literatur bisher noch dazu und ansonsten
w?rde ich mich auch fragen freuen falls noch welche kommen alle erschlagen sehr gut dann noch mal herzlichen dank
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